Data Scientist – Génomique, Single‑Cell & Transcriptomique spatiale

À propos du poste

Rejoignez l'IHU ICAN au sein de la Fondation Cardiometabolisme et de Nutr, un institut de référence européen situé à l'hôpital de la Pitié‑Salpêtrière. Vous contribuerez à des projets de recherche de pointe en génomique humaine, single‑cell et transcriptomique spatiale, avec un impact direct sur la lutte contre les maladies cardiovasculaires.

Missions principales

• Analyser des jeux de données scRNA‑seq / snRNA‑seq : pré‑traitement, contrôle qualité, annotation cellulaire et analyses de trajectoires.
• Traiter les données de transcriptomique spatiale (10x Visium, Xenium, CosMx, MERFISH) : cartographie spatiale, intégration avec les données single‑cell et images histologiques.
• Réaliser des analyses génomiques (WGS/WES) : alignement, variant calling, annotation fonctionnelle et études d'association GWAS.
• Développer des workflows reproducibles et appliquer des méthodes de machine learning pour la prédiction et la stratification des patients.
• Participer à la rédaction d'articles scientifiques et présenter les résultats lors de conférences.

Profil recherché

• Doctorat (PhD) en bio‑informatique, biologie computationnelle ou domaine connexe, avec une solide expérience en analyse d'omics.
• Capacité à travailler en équipe pluridisciplinaire avec biologistes, cliniciens et data‑scientists.
• Maîtrise courante de l'anglais scientifique.

Compétences requises

• Programmation en R et/ou Python.
• Outils Single‑Cell : Seurat, Scanpy, SingleCellExperiment, Monocle, Slingshot, CellChat.
• Plateformes de transcriptomique spatiale et pipelines génomiques : BWA, GATK, bcftools, PLINK.
• Statistiques avancées et machine learning (forêts aléatoires, gradient boosting, SVM, réseaux de neurones).
• Environnements Linux/HPC.